Merlin envoye Tom et Léa à New York délivrer la dernière licorne. Les enfants la cherchent au zoo, puis dans les cloîtres du Metropolitan Museum et devinent que la licorne se cache dans une des sept tapisseries de la Chasse à la licorne. Deux apprentis du Sorcier Noir surgissent et tentent d'emprisonner la licorne dans leur royaume maléfique.
Merlin envoie Tom et Léa dans une époque de légende pour qu'ils récupèrent l'épée de lumière. Avec l'aide du chevalier des eaux et de la reine araignée, ils sont transformés en phoques et plongent dans la crique des tempêtes où se trouve l'épée.
Tom et Léa partent à la recherche de Mozart!Merlin a enfin retrouvé le goût de vivre et souhaite maintenant faire le bonheur de millions de gens ! Pour cela, Tom et Léa doivent remplir de nouvelles missions. La première : rencontrer un grand artiste et le convaincre de faire aimer sa musique au plus grand nombre. Les deux enfants pourront utiliser une flûte magique, mais qu'une seule fois. Ils sont donc transportés à Vienne, en 1762. Ils arrivent au Palais d'Été où l'impératrice d'Autriche donne une réception. Tom et Léa font la connaissance d'une jeune fille, Nannerl, et de son intrépide petit frère surnommé Wolfie. Mais, bientôt ce dernier disparaît. Il faut le retrouver ! Les trois enfants commencent leurs recherches dans le parc du palais, et découvrent, horrifiés, que les animaux du zoo ont été libérés : certains sont très dangereux ! Tom et Léa parviendront à sauver Wolfie qui n'est autre que le jeune Wolfgang Amadeus Mozart.
Tom, Léa, Kathleen et Teddy partent à la recherche de Merlin et Morgane au Pays-Au-Delà-Des-Nuages et rencontrent Sorcier d'Hiver, qui habite un palais de glace. Il leur ordonne de récupérer son oeil gauche auprès des Soeurs de la Destinée, s'ils veulent revoir leurs amis, transformés en loups blancs.
Merlin confie à Tom et Léa une mission importante : sauver la Grande Dame de la Lagune qui court un terrible danger. Ils se retrouvent à Venise telle qu'elle était il y a deux cent soixante ans. Le carnaval bat son plein, des bougies clignotent le long des berges, et une foule déguisée se bouscule dans les ruelles. Tom et Léa sont perdus et ont du mal à comprendre les instructions du magicien.
Tom et Léa partent à la recherche d'un deuxième grand artiste ! Dans la cabane magique, Teddy et Kathleen transforment la flûte enchantée en trompette magique. Attention : les enfants ne pourront s'en servir qu'une seule fois, pour aider à réveiller le talent d'un des plus grands musiciens de jazz du XXème siècle. Tom et Léa débarquent le 31 octobre 1915 à la Nouvelle Orléans. On s'apprête à fêter Halloween. Les enfants font la connaissance de Dipper, de son vrai nom Louis Armstrong. À 14 ans, le garçon travaille dur pour gagner sa vie : il livre du charbon, décharge les cargaisons de bananes des bateaux sur le fleuve Mississipi... Les enfants découvrent que Dipper, qui ne cesse de chantonner, a une voix belle et chaude. Il adore la musique, mais n'a pas le temps de s'y consacrer ! Et Dipper aimerait tellement entendre Léa jouer de la trompette. Le soir d'Halloween, un orage éclate : les enfants s'abritent dans une maison hantée... par un fantôme pirate et son équipage. Heureusement Dipper réussira, en jouant de la trompette à amadouer et séduire les fantômes qui disparaîtront petit à petit dans la ville...
Missionnés par Merlin, Tom et Léa partent à la recherche d'artistes de talent. Ils se retrouvent en Irlande, en 1862, et rencontrent Augusta Grégory, une joueuse de flûte irlandaise.
Tom et Léa doivent découvrir le secret d'une infirmière anglaise : Florence Nightingale. Ils se retrouvent à Thèbes, en Égypte au XIXe siècle. Sur place, ils font la connaissance d'un couple de touristes anglais, proches de la jeune femme. Et ils apprennent que, non seulement Florence n'est pas célèbre, mais qu'en plus, elle n'a jamais travaillé dans un hôpital ! Leur mission commence mal... De plus, on leur confie la garde d'un bébé babouin, Koki. Comment vont-ils pouvoir suivre Florence et essayer de mieux la connaître, tout en s'occupant en même temps du petit singe ?
La fée Morgane envoie Tom et Léa à Brooklyn, le 15 avril 1947, pour assister à un match historique de baseball. Cette fois-ci, les enfants ne sont pas très enthousiastes, car ils n'aiment pas ce sport... Mais, une fois dans les vestiaires, ils découvrent des tenues de ramasseurs de balles, et se dépêchent de les enfiler. Les voilà, sur le terrain, au plus près de l'action ! Il s'agit d'un match important où Jackie Robinson, premier noir Américain, joue dans l'équipe nationale. Seulement, quand Léa perd sa casquette, et qu'on découvre que c'est une fille, c'est le retour à la case départ. Les enfants sont expulsés illico du stade. Heureusement, ils font la connaissance d'Otis et Olive, deux jeunes noirs qui vivent à côté de l'enceinte sportive. Et ils sont invités à venir regarder le match sur le toit de leur maison...
Merlin confie une nouvelle mission à Tom et Léa : ils doivent trouver le célèbre magicien Harry Houdini et découvrir le secret de sa grandeur. Pour les aider, il leur laisse une brochure sur Luna Park, un anneau magique et une fiole contenant de la brume d'Avalon. Voilà donc Tom et Léa à New York dans le parc d'attraction Luna Park ! A peine arrivés, les deux enfants s'en donnent à coeur joie, et en profitent pour faire des tours de manège et se gavent de friandises ! Puis - quelle chance ! - ils apprennent que le grand Harry Houdini fait un spectacle. Seulement quand ils vont acheter des billets, on leur annonce que c'est complet ! Catastrophe ! Comment vont-ils se débrouiller pour rencontrer le célèbre magicien ?
Tom, Léa et leur petit chien Oki sont invités à se rendre de toute urgence à Camelot ! La reine Guenièvre les informe que des ennemis ont pillé le château. Ils ont emporté le dragon d'or, qui ouvrait le portail magique de l'île d'Avalon. Lors de l'attaque, le roi Arthur a été gravement blessé. Les enfants doivent vite retrouver la statue du dragon d'or pour rouvrir le portail d'Avalon ! Ainsi, ils pourront aller chercher les plantes qui guériront le roi Arthur !
Morgane a décidé d'envoyer Tom et Léa au Groenland, au temps des Vikings. Là-bas, ils partent au secours d'un narval attaqué par une orque, et sont aidés par un jeune garçon, Leif Erikson. Ce dernier décide de leur faire visiter son campement et leur présente son père, Erik Le Rouge, le premier européen à avoir découvert le Groenland.Tom et Léa vont apprendre l'importance d'être reconnaissant pour ce qu'ils obtiennent. Histoire indépendante.
La fée Morgane a confié une nouvelle mission à Tom et Léa : direction l'Antiquité où ils doivent infiltrer un camp de légionnaires romains !Sur place, les enfants se font passer pour des étudiants venus faire un reportage sur le travail de l'armée.Mais très vite, leur couverture est compromise et on les accuse d'être des espions...
Merlin a laissé à Tom et Léa une lettre inquiétante : un sorcier cherche à dérober les secrets de quatre magiciens. Les deux enfants partent à Paris en 1889 où a lieu l'Exposition universelle. Ils cherchent les quatre magiciens et comprennent qu'ils ne sont autres que les inventeurs géniaux du XIXe siècle : T. Edison, A. Bell, L. Pasteur et G. Eiffel.
Tom et Léa sont envoyés pour une mission dangereuse à Galveston, vers 1900 ! C'est une ville construite sur une longue île étroite entre le golfe du Mexique et la baie de Galveston, au Texas. Ils doivent sauver des gens lors du terrible ouragan qui va s'abattre sur la ville... Une fois sur place, ils constatent avec étonnement que tout est très calme. La ville ressemble même à un petit paradis avec ses écoles, ses belles maisons... Auraient-ils mal compris ? Pourtant, bientôt, des vents violents balaient l'île et sèment la panique dans la ville...
Nouvelle mission de Tom et Léa : aider le calife de Bagdad en personne ! L'enchanteur Merlin demande aux enfants d'aider le calife de Bagdad à répandre la sagesse dans le monde. Une mission bien étrange ! Tom et Léa, qui n'y comprennent pas grand-chose, se sentent d'autant plus perdus lorsqu'ils se retrouvent, seuls, en plein désert ! Heureusement le caravanier Memun surgit comme par magie et leur propose de les aider à rejoindre la ville. Cependant, le périple s'avère très dangereux : ils affrontent des bandits... Lors d'une violente tempête de sable, Memun, avant de disparaître, a juste le temps de confier aux enfants une mystérieuse boîte. De nouveau seuls, Tom et Léa vont devoir ne compter que sur eux-mêmes.
S'introduire dans une forteresse secrète, vraiment impossible ? Tom et Léa vont devoir prouver le contraire !Envoyés au Pérou au temps des Incas, ils se lancent sur les traces d'un bébé lama volé par les gardes de l'empereur. L'animal serait retenu au Machu Picchu ! Mais pour réussir leur nouvelle mission, Tom et Léa n'ont d'autre choix que de traverser la dangereuse cordillère des Andes...